Fundada em 28 de fevereiro de 1950, graças a um grupo de médicos idealistas - em sua maioria, professores docentes-livre da Faculdade de Medicina da Universidade do Recife -, a Faculdade de Medicina de Pernambuco (FMC) surgiu da necessidade de aumentar a oferta de cursos superiores na área de saúde no estado.
A Faculdade de Ciências Médicas (FCM) funcionou inicialmente como escola isolada. Em 1966 incorporou-se ao núcleo inicial da Fundação de Ensino Superior de Pernambuco (Fesp), que em 1991 tornou-se a Universidade de Pernambuco (UPE).
A FCM conta com professores lotados em quatro departamentos: Medicina Clínica, Medicina Cirúrgica, Materno-Infantil e Medicina Social.
A pós-graduação lato sensu teve início em 1970, com o surgimento dos programas de Residência Médica. Atualmente, são oferecidos 14 programas.
A área de stricto sensu começou em 1993, com a implantação do mestrado na área de Tocoginecologia, sediado no Cisam, uma das unidades de referência para o SUS na atenção à mulher.
Além da ampliação dos cenários das práticas, uma das prioridades da instituição tem sido a busca da inserção precoce dos alunos de graduação na pesquisa científica.